MBR系统经常应用在市政污水处理领域，是否选用MBR系统考虑以下几个条件：
MBR系统适用于产水要求在一级A及以上的出水标准。对于排水指标较低的场合，可采用更简单、投资更少的工艺形式，如氧化沟、A2/O和改良的SBR等工艺，比采用MBR系统更便宜，更适用。
在水的盐度很高的场合，选用MBR系统要格外小心，要有足够的防护措施。MBR系统采用大量不锈钢部件，目前还缺乏满意的玻璃钢或其他材料的替代方案，一旦发生腐蚀，往往会发生各种设备的大面积损伤，直接影响膜系统工作性能。在高盐度的场合，如果采用MBR系统要充分考虑金属部件的涂层防腐和阳极保护等必要的措施。
处理系统规模很小，水质又极不稳定的场合不宜采用MBR工艺。现在有很多乡村一体化装置采用MBR系统，对于靠近水源地等高要求出水水质的场合，MBR系统是适用的。但也有一些地方，污水状况很不稳定，如在家庭中进行个体屠宰，甚至在家庭作坊中进行皮毛产品的粗加工等状况。在日处理水量只有几百立方米的小型MBR污水处理系统中，遇到这种水质冲击后，MBR系统和膜本身都难以恢复，会使整个处理系统瘫痪。在设计这种乡村一体化小型MBR系统装置时，设计的重点应放在进水冲击性水量的调节、进水中季节性大量悬浮物的清理、进水中油与脂冲击的防护以及冬季水温和环境温度过低的防御上面。
水量随季节性变化很强的系统也不宜采用MBR工艺。因为整个处理系统要按照最大运行水量考虑，系统投资很大，同时又要考虑枯水或无水期对膜的保护，技术上和经济上都不合理。
含有大量油脂的水不宜采用MBR工艺。在饮食街污水处理等场合不宜采用MBR系统，因为这类污水中含有大量油脂和植物香料残渣。油脂在污水系统中由于温度下降，很容易和活性污泥混在一起形成泥球状不溶性油块。这些物质黏附在膜上是很难去除的，膜通量也会快速下降。植物香料残渣在生化过程中会存留下很难降解的植物纤维缠绕在膜丝上。
